Construção de impressões genéticas digitais por KASP baseada em SNPs e análise genética populacional de 40 germoplasmas nucleares de feijão-mungo
Palavras-chave:
Vigna radiata, impressão genética digital, diversidade genética, genotipagem por sequenciamento, identificação de germoplasmaResumo
O objetivo deste trabalho foi construir um banco de dados de impressões digitais de DNA de 40 germoplasmas nucleares de feijão-mungo (Vigna radiata), tendo-se utilizado os marcadores de PCR competitiva alelo-específica (KASP), baseada em polimorfismos de nucleotídeo único (SNPs), identificados por genotipagem por sequenciamento. Após filtragem rigorosa, foram obtidos 2.987.425 SNPs de alta qualidade, com uma alta proporção de transições para transversões (1,97), principalmente variantes de nucleotídeo único (SNVs) sinônimas ou não sinônimas, localizadas em regiões intergênicas e em regiões de 1,0 kb acima do sítio de início da transcrição. A análise de componentes principais, a análise estrutural da população e a análise da árvore evolutiva genética indicaram que os 40 germoplasmas avaliados foram mais bem classificados em três grupos, que, no entanto, foram inconsistentes com suas origens geográficas, o que indica que os antecedentes genéticos desses germoplasmas são complexos e diversos. Por meio de critérios de seleção rigorosos, 25.611 desses SNPs de alta qualidade foram convertidos com sucesso em marcadores KASP. Os valores médios do conteúdo de informação de polimorfismo, da frequência do alelo menor e da heterozigosidade desses marcadores KASP foram 0,366, 0,421 e 0,04, respectivamente. Por fim, 50 marcadores KASP nucleares foram filtrados, e oito destes foram verificados como capazes de construir efetivamente impressões genéticas digitais dos 40 germoplasmas nucleares de feijão-mungo.
