Rhizosphere bacterial communities of potato cultivars evaluated through PCR-DGGE profiles

Authors

  • Enderson Petrônio de Brito Ferreira Embrapa Arroz e Feijão
  • André Nepomuceno Dusi Embrapa Hortaliças
  • Gustavo Ribeiro Xavier Embrapa Agrobiologia
  • Norma Gouvêa Rumjanek Embrapa Agrobiologia

DOI:

https://doi.org/10.1590/S1678-3921.pab2008.v43.163

Keywords:

<i>Solanum tuberosum</i>, associative bacteria, molecular marker, PCA

Abstract

The objective of this work was to determine the shifts on the PCR-DGGE profiles of bacterial communities associated to the rhizosphere of potato cultivars, in order to generate baseline information for further studies of environmental risk assessment of genetically modified potato plants. A greenhouse experiment was carried out with five potato cultivars (Achat, Bintje, Agata, Monalisa and Asterix), cultivated in pots containing soil from an integrated system for agroecological production. The experiment was conducted in a split plot randomized block design with five cultivars, three sampling periods and five replicates. Rhizosphere samples were collected in three sampling dates during plant development. DNA of rhizosphere microorganisms was extracted, amplified by PCR using bacterial universal primers, and analyzed through DGGE. Shifts on the rhizosphere bacterial communities associated to rhizosphere of different cultivars were related to both cultivar and plant age. Differences among rhizosphere bacterial communities were clearest at the earliest plant age, tending to decrease in later stages. This variation was detected among bacterial communities of the five tested cultivars. The characterization of soil microbial communities can be part of plant breeding programs to be used on studies of environmental risk assessment of genetically modified potatoes.

Author Biographies

Enderson Petrônio de Brito Ferreira, Embrapa Arroz e Feijão

Possui graduação em Engenharia Agronômica pela Universidade Federal Rural do Rio de Janeiro (1999), mestrado em Agronomia (Ciências do Solo) pela Universidade Federal Rural do Rio de Janeiro (2002) e doutorado em Fitotecnia pela Universidade Federal Rural do Rio de Janeiro (2006). Atualmente é pesquisador A da Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária - Embrapa Arroz e Feijão. Tem experiência na área de Agronomia, com ênfase em Microbiologia e Bioquímica do Solo e Marcadores Moleculares, atuando principalmente nos seguintes temas: sistemas de manejo do solo e agricultura com base ecológica.

André Nepomuceno Dusi, Embrapa Hortaliças

Engenheiro Agrônomo pela Universidade de Brasília (1982), mestre em Fitopatologia pela Universidade Federal de Viçosa (1987) e doutor em Virologia pela Wageningen Agricultural University (1999). É pesquisador da Embrapa Hortaliças desde 1987. Atua com ênfase em Epidemiologia de Viroses em hortaliças de propagação vegetativa e na área de biossegurança de plantas geneticamente modificadas.

Gustavo Ribeiro Xavier, Embrapa Agrobiologia

Gustavo Ribeiro Xavier concluiu o doutorado em Agronomia (Ciência do Solo) pela Universidade Federal Rural do Rio de Janeiro em 2003. Atualmente é Docente da Universidade Federal Rural do Rio de Janeiro e Pesquisador A da Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária. Publicou 8 artigos em periódicos especializados e 68 trabalhos em anais de eventos. Possui 2 capítulos de livros e 1 livro publicados. Possui 1 produto tecnológico e outros 35 itens de produção técnica. Participou de 19 eventos no Brasil. Recebeu 2 prêmios e/ou homenagens. Entre 1996 e 2002 participou de 5 projetos de pesquisa. Atualmente participa de 11 projetos de pesquisa, sendo que coordena 3 destes. Atua na área de Agronomia, com ênfase em Microbiologia e Bioquímica do Solo. Em suas atividades profissionais interagiu com 87 colaboradores em co-autorias de trabalhos científicos. Em seu currículo Lattes os termos mais freqüentes na contextualização da produção científica, tecnológica e artístico-cultural são: rizóbio, caupi, DGGE, ecologia microbiana, FBN, diversidade, resistência à antibiótico, comunidade bacteriana, ELISA e inoculante.

Norma Gouvêa Rumjanek, Embrapa Agrobiologia

Concluiu o doutorado em quimica farmaceutica - university of london em 1983. atualmente e pesquisador da empresa brasileira de pesquisa agropecuaria, professor sem onus da universidade federal rural do rio de janeiro e professor sem onus da universidade federal do rio de janeiro. publicou 29 artigos em periodicos especializados e 147 trabalhos em anais de eventos. possui 7 capitulos de livros e 1 livro publicados. possui 1 produto tecnologicoregistrado e outros 19 itens de producao tecnica. orientou 6 dissertacoes de mestrado e co-orientou 6, orientou 12 teses de doutorado e co-orientou 1 tese de doutorado, alem de ter orientado 2 trabalhos de iniciacao cientifica nas areas de agronomia, ecologia e microbiologia. recebeu 2 premios e/ou homenagens. atua na area de ecologia, com enfase em ecologia microbiana. em suas atividades profissionais interagiu com 171 colaboradores em co-autorias de trabalhos cientificos. em seu curriculo lattes os termos mais frequentes na contextualizacao da producao cientifica, tecnologica e artistico-cultural sao: rizobio, caupi, rizobio, diversidade, semi-arido, fixacao biologica de nitrogenio, diversidade microbiana, competitividade, agricultura organica e soja.

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Published

2008-10-21

How to Cite

Ferreira, E. P. de B., Dusi, A. N., Xavier, G. R., & Rumjanek, N. G. (2008). Rhizosphere bacterial communities of potato cultivars evaluated through PCR-DGGE profiles. Pesquisa Agropecuaria Brasileira, 43(5), 605–612. https://doi.org/10.1590/S1678-3921.pab2008.v43.163

Issue

v.43, n.5, maio 2008

Section

MICROBIOLOGY