Inclusão de covariáveis em modelos de seleção genômica ampla para acurácia de predição

Autores

  • Leonardo de Azevedo Peixoto Iowa State University, Research Scientists, 716 Farm House, LN, 50011-1051, Ames, IA, USA.
  • Paulo Eduardo Teodoro Universidade Federal de Mato Grosso do Sul, Campus Chapadão do Sul, Departamento de Agronomia, S/N, Rodovia MS-306, Km 105, Zona Rural, CEP 79560-000 Chapadão do Sul, MS.
  • Larissa Pereira Ribeiro Teodoro Universidade Federal de Mato Grosso do Sul, Campus Chapadão do Sul, Departamento de Agronomia, S/N, Rodovia MS-306, Km 105, Zona Rural, CEP 79560-000 Chapadão do Sul, MS.
  • Cosme Damião Cruz Universidade Federal de Viçosa, Departamento de Biologia Geral, Avenida Peter Henry Rolfs, s/no, Campus Universitário, CEP 36570-900 Viçosa, MG.
  • Leonardo Lopes Bhering Universidade Federal de Viçosa, Departamento de Biologia Geral, Avenida Peter Henry Rolfs, s/no, Campus Universitário, CEP 36570-900 Viçosa, MG.

Palavras-chave:

predição genômica, associação genômica ampla, seleção assistida por marcadores, acurácia de predição

Resumo

O objetivo deste trabalho foi avaliar modelos que utilizam os nucleotídeos de polimorfismo único significativos (SNPs), encontrados por seleção assistida por marcadores e associação genômica, como um efeito fixo em modelos comumente utilizados na seleção genômica ampla para a população F2, em comparação com o modelo que utiliza todos os SNPs. Utilizou-se para todos modelos o método bayesiano de regressão de crista. Para as comparações entre os modelos, avaliaram-se a capacidade de predição fenotípica e genotípica, a acurácia fenotípica, o ganho de seleção, o índice de coincidência e o tempo de processamento. Ambos os métodos não conseguiram identificar com precisão os verdadeiros loci de características quantitativas (QTL). A seleção baseada apenas nos QTL identificados pelos métodos avaliados elegeu indivíduos de baixo valor genético. O uso de um modelo de seleção genômica ampla –com os SNPs significativos encontrados pela associação genômica como um efeito fixo, e os SNPs restantes como um efeito aleatório – foi a estratégia adequada para selecionar indivíduos superiores com alta precisão. A introdução de QTL já descritos para uma dada característica no modelo de seleção genômica ampla permite a seleção de indivíduos superiores com maior precisão.

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Publicado

2024-12-16

Como Citar

Peixoto, L. de A., Teodoro, P. E., Teodoro, L. P. R., Cruz, C. D., & Bhering, L. L. (2024). Inclusão de covariáveis em modelos de seleção genômica ampla para acurácia de predição. Pesquisa Agropecuária Brasileira, 59(AB), e03534. Recuperado de https://apct.sede.embrapa.br/pab/article/view/27851