Genetic diversity of cultivated accessions and wild species of rubber tree using EST‑SSR markers

Authors

  • Juliana Morini Küpper Cardoso Perseguini Programa de Pós-graduação em Genética e Biologia Molecular/UNICAMP, nível doutorado (em andamento) http://lattes.cnpq.br/9162366666070378
  • Lineu Roberto de Castro Romão Instituto de Biologia/UNICAMP
  • Boris Briñez Genética e Biologia Molecular/UNICAMP, nível doutorado (em andamento)
  • Erivaldo José Scaloppi Junior Pólo Regional Noroeste Paulista/APTA
  • Paulo de Souza Gonçalves Pesquisador III da Embrapa lotado no Instituto Agronômico (IAC) em Campinas
  • Luciana Lasry Benchimol Instituto Agromico de Campinas

DOI:

https://doi.org/10.1590/S1678-3921.pab2012.v47.12565

Keywords:

análise de caracterização genética, estrutura genética, marcadores moleculares funcionais, conteúdo de informação polimórfica, transferabilidade.

Abstract

The objective of this work was to evaluate the efficiency of EST‑SSR markers in the assessment of the genetic diversity of rubber tree genotypes (Hevea brasiliensis) and to verify the transferability of these markers for wild species of Hevea. Forty‑five rubber tree accessions from the Instituto Agronômico (Campinas, SP, Brazil) and six wild species were used. Information provided by modified Roger’s genetic distance were used to analyze EST‑SSR data. UPGMA clustering divided the samples into two major groups with high genetic differentiation, while the software Structure distributed the 51 clones into eight groups. A parallel could be established between both clustering analyses. The 30 polymorphic EST‑SSRs showed from two to ten alleles and were efficient in amplifying the six wild species. Functional EST‑SSR microsatellites are efficient in evaluating the genetic diversity among rubber tree clones and can be used to translate the genetic differences among cultivars and to fingerprint closely related materials. The accessions from the Instituto Agronômico show high genetic diversity. The EST‑SSR markers, developed from Hevea brasiliensis, show transferability and are able to amplify other species of Hevea.

Author Biographies

Juliana Morini Küpper Cardoso Perseguini, Programa de Pós-graduação em Genética e Biologia Molecular/UNICAMP, nível doutorado (em andamento) http://lattes.cnpq.br/9162366666070378

Mestrado pelo Instituto Agronômico de Campinas (IAC) na área de Agricultura Tropical e Subtropical - Genética, Melhoramento Vegetal e Biotecnologia (2009);- Graduação em Ciências Biológicas-Licenciatura e Bacharelado pela Pontifícia Universidade Católica de Campinas (2006

Lineu Roberto de Castro Romão, Instituto de Biologia/UNICAMP

Graduação em Ciências Biológicas pela UNICAMP, bolsita PIBIC por dois anos consecutivos em diversidade genética em seringueira; orientadora Dra. Luciana Benchimol Rubiano.

Boris Briñez, Genética e Biologia Molecular/UNICAMP, nível doutorado (em andamento)

Mestrado em Genética pela UEM com bolsa PEC/PG da CAPES, Doutorado em andamento pelo Departamento de Genética da UNICAMP sob orientação da Dra. Luciana B. Rubiano com Bolsa FAPESP.

Erivaldo José Scaloppi Junior, Pólo Regional Noroeste Paulista/APTA

Eng. Agr., Dr., PqC do APTA; ligado ao programa seringueira do IAC.

Paulo de Souza Gonçalves, Pesquisador III da Embrapa lotado no Instituto Agronômico (IAC) em Campinas

Paulo de Souza Gonçalves. Concluiu o doutorado em genética e melhoramento de plantas pela Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz, Universidade de São Paulo em 1987. Atualmente é pesquisador III da Embrapa lotado no Instituto Agronômico (IAC) em Campinas, SP e docente do Programa de Pós-gradução em Agricultura Tropical e Sub-tropical do IAC na área de concentração em Genética, Melhoramento Vegetal e Biotecnologia. Publicou 170 artigos em periódicos especializados e 138 trabalhos em anais de eventos. Possui 13 capítulos de livros. Possui 22 clones registrados e outros 67 itens de produção técnica. Participou de nove viagens de prospecção na floresta amazônica, que resultaram na coleta de centenas de acessos de seringueira. Participou de 61 eventos no Brasil. Orientou cinco dissertações de mestrado e co-orientou duas, co-orientou quatro teses de doutorado e quatro de pós-doutorado, além de ter orientado três trabalhos de iniciação cientifica, 32 orientações de outra natureza relativas ao aperfeiçoamento e 2 trabalhos de conclusão de curso nas áreas de genética, agronomia e engenharia de materiais e metalúrgica. Recebeu 8 prêmios e/ou homenagens. Entre 1992 e 2009 coordenou 22 projetos de pesquisa junto à FAPESP entre auxílio à pesquisa e bolsas no país. Foi presidente da Comissão Técnica de Seringueira da Secretaria de Agricultura e Abastecimento do Estado de São Paulo. Foi coordenador do grupo de trabalho: cadeia produtiva da seringueira da Secretaria de Agricultura e Abastecimento entre 1995 e 1996. É membro da Câmara setorial da cadeia produtiva da borracha natural, desde sua instalação 2005. Assessor "Ad-hoc" do CNPq, FAPESP, Embrapa e das revistas científicas: "Scientia Agricola", Pesquisa Agropecuária Brasileira, "Silvae Genetica, "Crop breeding and Applided Biotecnology", ciência Rural e Ciência florestal e editor da área de Melhoramento genético da Revista Bragantia desde 2002. Atualmente, participa de 8 projetos de pesquisa, sendo que coordena três destes. Atua na área de genética, com ênfase em genética quantitativa. Em suas atividades profissionais interagiu com 278 colaboradores em co-autorias de trabalhos científicos. Em seu currículo Lattes os termos mais freqüentes na contextualização da produção científica, tecnológica e artistico-cultural são: seringueira, Hevea brasiliensis, clones, melhoramento, melhoramento genético, vigor, seleção e herdabilidade.

http://lattes.cnpq.br/7998615537688819

Luciana Lasry Benchimol, Instituto Agromico de Campinas

Instituto Agronômico de Campinas, Centro de Pesquisa e Desenvolvimento de Recursos Genéticos Vegetais. Av Barão de Itapura, 1481 Vila Itapura 13012-970 - Campinas, SP - Brasil - Caixa-Postal: 28
Telefone: (19) 32021797
URL da Homepage: http://www. iac. sp. gov. br
http://lattes.cnpq.br/6733156346943037

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Published

2012-09-25

How to Cite

Perseguini, J. M. K. C., Romão, L. R. de C., Briñez, B., Scaloppi Junior, E. J., Gonçalves, P. de S., & Benchimol, L. L. (2012). Genetic diversity of cultivated accessions and wild species of rubber tree using EST‑SSR markers. Pesquisa Agropecuaria Brasileira, 47(8), 1087–1094. https://doi.org/10.1590/S1678-3921.pab2012.v47.12565

Issue

v.47, n.8, ago. 2012

Section

GENETICS