Estimation of recombination frequency in genetic mapping of full-sib families

Authors

  • Leonardo Lopes Bhering UFV
  • Cosme Damião Cruz UFV
  • Pedro Ivo Vieira Good God UFV

DOI:

https://doi.org/10.1590/S1678-3921.pab2008.v43.24

Keywords:

genomics, exogamic populations, maxim likelihood

Abstract

The objective of this work was to obtain the estimates of recombination frequency, through simulation, for different situations in genetic mapping involving full sibling families. A genome with three linkage groups simulated, each one with 11 molecular marks which were multi-allelic, codominants, with saturation of 10 cM. Starting from this genome, two situations were simulated: one with informative genitors, and other with genitors formed randomly. Once all the recombination frequencies were estimated, it was found out that in completely informative loci, the recombination frequency can be calculated among equal pairs of loci starting from the gametic frequency of each genitor, or starting from the genotipic frequency of the progeny. For partially informative loci, the recombination frequency starting from the united genotipic frequency is more appropriate.

Author Biographies

Leonardo Lopes Bhering, UFV

possui graduação em Agronomia pela Universidade Federal de Viçosa (2003) e mestrado em Agronomia (Genética e Melhoramento de Plantas) pela Universidade Federal de Lavras (2006). Atualmente cursa o doutorado em Genética e Melhoramento na Universidade Federal de Viçosa.Tem experiência na área de Análise de dados, com ênfase em Biometria, Genética Quantitativa, Estatística Genômica e Estatística Experimental.

Cosme Damião Cruz, UFV

Possui graduação em Agronomia pela Universidade Federal de Viçosa (1980), mestrado em Genética e Melhoramento pela Universidade Federal de Viçosa (1984) e doutorado em Agronomia (Genética e Melhoramento de Plantas) pela Universidade de São Paulo (1990). Atualmente é prof. titular da Universidade Federal de Viçosa. Tem experiência na área de Genética, com ênfase em Genética Quantitativa, Biometria e Genômica, atuando principalmente nos seguintes temas: melhoramento genético, diversidade genética, bioinformática e estatística genômica. Dedica seu trabalho à consolidação da Biometria no Brasil, por meio de criação de disciplinas, para formação de recursos humanos, livros em biometria, para consolidação de conhecimento, e desenvolvimento de aplicativos, como ferramenta auxiliar à análise e processamento de dados.

Pedro Ivo Vieira Good God, UFV

possui graduação em Agronomia pela Universidade Federal de Viçosa (2002) , mestrado em Genética e Melhoramento pela Universidade Federal de Viçosa (2004) e curso-tecnico-profissionalizante em Técnico Industrial em Edificações pelo Centro Federal de Educação Tecnológica de Minas Gerais (1995) . Tem experiência na área de Agronomia. Atuando principalmente nos seguintes temas: Ácidos Graxos, Dialelo, Diversidade Genética.

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Published

2008-09-03

How to Cite

Bhering, L. L., Cruz, C. D., & God, P. I. V. G. (2008). Estimation of recombination frequency in genetic mapping of full-sib families. Pesquisa Agropecuaria Brasileira, 43(3), 363–369. https://doi.org/10.1590/S1678-3921.pab2008.v43.24

Issue

v.43, n.3, mar. 2008

Section

GENETICS